Der Freistaat Bayern finanziert 90% der Investitions- und Betriebskosten des BayZBE. Die Gesellschafter, die alle Hilfsorganisationen sind und auf Spenden angewiesen sind, tragen die verbleibenden 10%. Da die Gesellschafter keinen direkten Zugriff auf alle Mittel haben, möchten sie Spenden generieren, um zusätzliche Kosten zu refinanzieren. Die Entscheidung, ein Spendenprojekt zu etablieren, wurde gemeinsam von Gesellschaftern, verantwortlichen Gremien und der BayZBE gGmbH getroffen.